【服务内容】

结核分枝杆菌基因组提取、质控、建库、全基因组测序以及耐药和敏感分析。

【测序基本参数】

测序读长双端 150 bp(PE150), 过滤后单样本高质量数据量(>Q30)平均 900 Mb 以上,原始数据平均 1000 Mb 以上。

【服务优势】

专业性:专注于结核分枝杆菌及相关菌株测序,已完成 1 万余例临床分离结核菌株测序工作,积累了丰富的结核分枝杆菌基因组提取和 NGS 建库、测序经验。
耐药分析:与国内权威单位合作建立了强大的数据库和云端结核分枝杆菌全基因组序列分析平台,可结合NGS结果对测序菌株抗结核药物敏感性和耐药性进行全面预测分析,输出分析结果。针对4种一线药物异烟肼,利福平,乙胺丁醇,吡嗪酰胺提供耐药及敏感性预测,对10种二线药物(链霉素,乙硫异烟胺,阿米卡星,卷曲霉素,卡那霉素、对氨基水杨酸、利奈唑胺、氯法齐明、氟喹诺酮、贝达喹啉)提供耐药预测,对于多耐药结核分枝杆菌临床用药具有指导意义。
菌株遗传距离分析:比较不同菌株间遗传距离,可用于鉴定结核病近期传播或暴发事件,为流行病学调查和结核病防控提供理论依据。

【结核分枝杆菌全基因组测序样本需求】

样本总体要求:纯培养物(固体培养或液体培养)、灭活处理。

1.菌体量

1)固体培养:用接种环从分离培养好的 L-J 固体培养基上刮下绿豆颗粒大小的菌体,然后将菌体置于1.5 mL无菌 EP 管或 2mL 无菌螺纹管(管中预先加入 500 uL 的 TE buffer)。

2)液体培养:2 mL 浊度 1 麦氏的菌悬液。

2. 灭活

寄送前,结核分枝杆菌需灭活。灭活流程:80℃ 水浴,30 min。

3. 运输

2-8℃ 冷藏运输。

4. 样品质控

1)质控方法:Qubit® Fluorometer 荧光计和琼脂糖凝胶电泳。

2)质控标准:

【抗结核药物敏感性和耐药分析结果示例】

分析平台会对每个测序结果进行一线药物敏感性和耐药性预测以及其他药物耐药性预测,并以可视化方式展示,同时分析结果可以输出为Excel 格式。尤其对于二线药物的耐药性预测比较全面,适用于多耐药结核分枝杆菌用药指导。

【遗传距离分析简介】

比较不同菌株间遗传距离,可用于鉴定结核病近期传播或暴发事件,为流行病学调查和结核病防控提供理论指导。

【分析原理】

测序结果比对到H37Rv基因组上,鉴定出每个菌种特异的SNP;
排除耐药SNP,比较不同菌株之间的SNP差异个数,判断菌株的亲缘关系。

【应用场景】

鉴定结核病近期传播:少量菌株可鉴定暴发时间,一般以12个SNP以内的菌株可认为有近期传播关系;
鉴定实验室污染:结核病人痰培养结果与临床表现有明显差异时,需鉴定实验室污染,通过NGS测序,分析SNP差异个数,判定是否为同一菌株污染。

【推荐阅读】

http://document.biodiscover.com/news/research/174868.html  《全基因组测序在结核病中的临床应用》

https://nejmqianyan.cn/article/YXQYoa1800474?sg=AbW1NGsHw3NxPd6F  《利用DNA测序预测对一线结核药物的敏感性》

 

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